派遣で働いているエンジニアはあくまで派遣会社から仕事の依頼を受けている立場であり、仕事を提供してもらっているという状況に過ぎません。派遣会社が倒産してしまえば職を失うことになるでしょう。

派遣エンジニアから独立して個人事業主として働いていこうと考えたら、ビジネススキルを習得する心構えが必要です。
エンジニアとして開発に関わる仕事に携わっていけば仕事になると安易に考えてしまうと、失敗してしまいます。個人でありながらもビジネスを展開するという考え方が肝になります。
独立当初はそもそも仕事を紹介してもらうことはできないため、自分のSEとしての魅力を世の中に訴えかけ、仕事の依頼を手に入れなければならないでしょう。

そして、依頼を受けたときにどのように要望に対応していくかを決めていくことも大切です。事業を行うという考え方を持ち、企業に相対する姿勢も決めて立場を定めていきましょう。
企業と対等な立場になって働けるようにするため、自分を売り込むビジネスの視点を持ち、ただの仕事の請負人にならないようにしなければ、高い信頼を受けられるようにはならないでしょう。売り込みをするために自分のスキルを習得するのも、事業の一部として考えなければなりません。

このような視点を身につけた上で独立すると、派遣で培ってきた経験を活かして活躍できる可能性が高まります。自分を売り込むためのビジネススキル以外にも、独立の前準備と効率的な案件獲得法を事前に知っておくことで、理想とのギャップを埋めることができるでしょう。